Ein in Japan aus dem Kino heruntergeladenes Arceus kann in HeartGold/SoulSilver ein Dialga, Palkia oder Giratina auf Lv. 1 „erschaffen“. Dialga trägt dabei das Item Adamant-Orb und beherrscht die Attacke Metallstoß, Palkia das Item Weiß-Orb und die Attacke Hydropumpe und Giratina Platinum-Orb sowie Schattenstoß.

Wie auch damals schon in G/S, erhält man in HG/SS seinen Pokédex von Professor Eich (オーキド博士 Okido-hakase), der sich gelegentlich im Haus von Mr. Pokémon (ポケモンじいさん Pokémon-jiisan, „Pokémon-Opa“) aufhält, das sich auf Route 30 befindet.

Kurt (ガンテツ Gantetsu) stellt besondere Pokébälle in Handarbeit her. Dafür benötigt er Aprikokos (ぼんぐり Bonguri), die man an Obstbäumen pflücken kann. Diese besonderen Pokébälle gibt es natürlich nicht in Märkten zu kaufen. Welche Pokébälle er herstellen kann, lässt sich im PokéWiki-Artikel Aprikoko nachlesen.

Kyogre, Groudon und Rayquaza lassen sich bekanntlich in HG/SS fangen. Hierzu wurden einige Screenshots der Fundorte veröffentlicht:

Mit dem きのみプランター Kinomi Planter, einem neuen Item in HG/SS, lassen sich Beeren der Johto-Region aufziehen und transportieren. Hiermit lässt sich der Zustand der Beere begutachten. Damit die Erde nicht austrocknet, können die wachsenden Beeren auch mit einer Gießkanne gegossen werden.

Der ボンシェイカー Bon-Shaker, der sich über den Aprikoko-Behälter (ぼんぐりケース Bonguri Case) anwählen lässt, ist ein Gerät, mit dem aus gesammelten Aprikokos ein Getränk hergestellt werden kann. Je nach Mischung erhöht dieses Getränk die fünf verschiedenen Pokémon-Fähigkeiten Geschwindigkeit, Kraft, Technik, Ausdauer und Sprung, die in den Pokéthlon-Minispielen wichtig sind, unterschiedlich stark. Solche Getränke lassen sich aber auch im ポケスロンドーム Pokéthlon-Dome kaufen.

Ein weiteres neues Spielelement ist die Safari-Zone, die es in den alten Spielen Gold und Silber noch nicht gab. Der Zugang befindet sich in Anemonia City. Es ist hier erstmals möglich, das Aussehen der Safari-Zone individuell zu beeinflussen, indem vorgefertigte Areale zu einer Gesamtfläche zusammengebaut werden können. Je nach Gestaltung werden natürlich auch die Pokémon, die in der Safari-Zone auftauchen werden, beeinflusst. Das selbsterstellte Design kann per Drahtlosverbindung auch an Freunde geschickt werden.

Im Nationalpark (しぜんこうえん Shizen-kouen) findet 3× pro Woche das Käferturnier statt. Mehr Informationen dazu gibt es im PokéWiki im Artikel Nationalpark.

Bisher bekannt waren die Minispiele ダッシュハードル Dash Hurdle, リングアウトファイト Ring-out Fight, シューティングスノー Shooting Snow und バウンドフィールド Bound Field. Mit dem heutigen Update werden drei neue Minispiele bekannt:

チェンジリレー Change Relay
Für dieses Spiel sind die Fähigkeiten Ausdauer und Geschwindigkeit gefragt. Hier geht es darum, eine lange Strecke mit mehreren Pokémon zu laufen. Wird ein Pokémon müde, sollte es schnell durch ein anderes ausgewechselt werden.

ブレイクブロック Break Block
In diesem Spiel müssen Steinblöcke zerschlagen werden. Die Kraft und Ausdauer eines Pokémon sind hier von großer Bedeutung. Wird ein Pokémon müde, wird es sich einige Zeit nicht bewegen. Bevor das passiert, sollte es ausgetauscht werden.

プッシュサークル Push Circle
Hier befinden sich viele Pokémon gleichzeitig auf der Wettkampffläche und alle versuchen drängelnd, innerhalb der Markierung zu bleiben. Wer übrig bleibt, erzielt die höchste Punktzahl.

Auch in der Johto-Region gibt es jetzt erstmals eine Kampfzone. Hier können Kämpfe nach verschiedensten Regeln ausgetragen werden. Als Preis winken hier Gewinnpunkte, die z. B. bei Attackenlehrern eingetauscht werden können.